Hiện đang sở hữu Edens Zero, Shiki Granbell đã tập hợp được Four Shining Stars. Với sự giúp đỡ của những người bạn mới của mình, Shiki sẽ có thể vượt qua Dragonfall—biên giới của Sakura Cosmos tràn ngập những con rồng máy. Sau khi đạt được điều đó, anh ta có thể tiếp tục hành trình tìm kiếm Nữ thần Mẹ. Trước khi phi hành đoàn Edens Zero có thể tiếp tục hành trình của mình, họ nhận thấy một tàu chiến bí ẩn đang theo dõi họ. Khi biết rằng con tàu - Belial Gore - thuộc về Drakken Joe, Shiki và thủy thủ đoàn của anh ta cố gắng thâm nhập vào nó, với ý định tìm hiểu lý do tại sao Nhà giả kim bóng tối lại theo đuổi họ. Trong quá trình này, Edens Zero bị cấp dưới của Drakken bắt làm con tin. Mặc dù họ đang ở trong tình thế ngặt nghèo, Shiki không chịu lùi bước. Làm việc cùng với những người bạn của mình, Shiki sẽ phải hạ gục Nhà giả kim bóng tối nếu anh ta hy vọng sống sót thoát khỏi Belial Gore. [Viết bởi MAL Rewrite]